Как и другим коллегам, пришедшим в нашу профессию уже взрослыми людьми, осознанно сделавшими свой выбор, В.Ю. Ковалю было свойственно стремление к профессиональному росту, которое побудило его в 1999 г. перейти на работу в Институт археологии РАН, где за два года до этого (всего через четыре года после получения диплома о втором высшем образовании), он блестяще защитил кандидатскую диссертацию: «Керамика Востока и Византии на Руси (конец IX–XVII вв.)», подготовленную под руководством М.Д. Полубояриновой.

Параллельно с изучением восточной и золотоордынской керамики В.Ю. Коваль продолжал исследования продукции гончаров средневековой Руси. Он сосредоточился на статистических методах ее изучения, опираясь на особенности технологии производства. В последнее время его чрезвычайно увлекает изучение средневековой фортификации, он поддерживает и развивает идеи, высказанные несколько ранее безвременно ушедшим из жизни Ю.Ю. Моргуновым.

Научную работу юбиляр сочетает с руководством экспедициями, исследуя средневековые курганные могильники, городские и сельские поселения в центральной России, Татарстане, Крыму и других регионах. В последние годы Владимир Юрьевич активно работает в сердце нашей Родины, является одним из руководителей раскопок в Московском Кремле. За активное участие в реализации проекта по модернизации звонницы на Спасской башне и создании подземного Музея археологии Чудова монастыря на территории Московского Кремля В.Ю. Коваль в 2021 г. был награжден медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени.

С 2015 г. года Владимир Юрьевич возглавляет отдел средневековой археологии ИА РАН, занимаясь активной научно-организационной деятельностью. Вот уже 20 лет он вместе с А.В. Энговатовой выступает идейным вдохновителем и организатором научного семинара «Археология Подмосковья», является членом ученого совета ИА РАН (с 2009 г.), активно работает в научном совете по полевым исследованиям ИА РАН. Владимир Юрьевич принимает участие в деятельности Российского исторического общества, входит в состав рабочей группы по вопросам изучения и сохранения засечных черт.

Внушителен и список его научных трудов, который постоянно растет, об их качестве свидетельствует индекс цитирования. Его невероятная работоспособность позволяет преодолевать завалы административной текучки. Владимир Юрьевич наделен качеством, которым обладает далеко не всякий даже талантливый ученый – растить учеников, многие из которых сегодня работают в Институте археологии РАН (Д.Ю. Бадеев, П.Е. Русаков, Е.В. Майорова, Е.П. Зоц).